Las ventajas de un sistema de patentes, o la defensa de la propiedad intelectual, se expuso en la primera parte sobre este tema. A continuación, se hablará de los inconvenientes de las mismas o de las posibles críticas a los argumentos a favor.
Si nos paramos a pensar en los posibles inconvenientes lo primero que se nos viene a la cabeza es el precio de venta y seguidamente la violación que se produce del sistema de competencia perfecta con dicho precio. La teoría económica neoclásica defiende la libertad de mercado salvo cuando se producen fallos en el mismo (competencia imperfecta, externalidades, bienes públicos e información asimétrica). Es en ese caso, cuando la intervención del Estado está justificada. Es una contradicción, entonces, que si las empresas operan ya en un mercado de competencia perfecta, el Estado intervenga para conceder un título a una de ellas para convertirla en un monopolio de un producto. Es por eso que las patentes se llamaron en su primer momento, Estatutos de monopolio. Entonces, ¿está el Estado fomentando la competencia perfecta o disminuyéndola? Al existir una normativa Estatal que prohíbe expropiar la patente para que otras empresas puedan producir genéricos del medicamento, el libre mercado de ese producto desaparece. La ONU quiso expropiar la patente sobre el medicamento para la Hepatitis C debido a que había muchos potenciales beneficiarios que no tendrían la opción de acceder a los programas de tratamiento por razones estrictamente económicas. No se pudo llevar a cabo tal acción por la norma estatal que las protege, impidiéndolo. Por esto, en palabras del economista Juan Ramón Rallo, hay que comprender bien lo siguiente: «las patentes no hacen más libre al mercado competitivo, regulan el mercado competitivo». Podría alguien pensar, llegados a este punto, en el fatal desenlace que algunos economistas anticipan si desapareciesen las patentes: situación de competencia imperfecta irreversible.
Esto puede ser refutado desde el siguiente punto de vista: hay que tener en cuenta que la labor de investigación la realizan los investigadores, es decir, el capital humano de la empresa. Cuanto mejor formados estén los trabajadores, mayor será la probabilidad de que sean muy productivos en la labor que desempeñan. Si una sociedad A tiene trabajadores mejor cualificados que la sociedad B, aunque ésta segunda invierta más dinero en llegar al trasfondo del problema al que se enfrentan ambas, es muy seguro que sea la primera la que consiga obtener el resultado antes. De modo que, para evitar que el mercado colapse al eliminarse las patentes tan sólo basta con contratar a buenos trabajadores que sean los que permitan obtener resultados, y que serán quienes consigan los beneficios económicos en un futuro. Entonces, la competencia no debe surgir por el logro de los beneficios, sino en captar a los mejores individuos en su campo científico. El objetivo de toda empresa debería ser la contratación de aquellos más capaces para ser más competitiva, y no el centrarse en conseguir la patente que le va a permitir explotar una idea durante un período de tiempo. Esto último, además, supone operar en un mercado realmente competitivo en el cual, la diversidad empresarial va a generar que se produzca ese avance tecnológico e industrial debido al descubrimiento de nuevas ideas y a su mejora desde el momento cero, sin tener que esperar a que expire la patente.
El segundo argumento en contra se refiere a la realización de la actividad empresarial por las industrias. Una firma que se dedique a la investigación, como las farmacéuticas, se presupone que se dedica a ello porque tiene una preocupación por la sociedad de enfermos y no tanto por lucrarse, como puede ser el caso de una tienda de zapatos. Dejando esto de lado, aunque sólo se constituyeran sociedades con el único objetivo de lucrarse, ¿por qué habría que incentivarlas económicamente a que desarrollen su actividad de un modo eficiente? ¿Por qué se deben otorgar privilegios a una empresa por desarrollar su actividad y conseguir sus objetivos? En las empresas farmacéuticas, las cuales tienen que cumplir un Código de Ética, ¿hasta qué punto se investiga por razones de empatía y dónde empieza el completo interés lucrativo? ¿Salvar vidas es prioritario para la farmacéutica o se encuentra supeditado al interés de enriquecerse? Estas dos últimas cuestiones no se pueden generalizar a todo tipo de industrias, pero cierto es que con una patente el precio de cualquier producto se ve sobredimensionado perjudicando a los consumidores.
Por último, un tema totalmente de contradicción semántica. Como explica Juan Ramón Rallo, cuando se habla de propiedad intelectual lo que se intenta es equiparar el término al de propiedad privada. No hay que confundir la propiedad privada obtenida por el libre mercado y la concesión de propiedad que el Estado da sobre la innovación. La primera es un derecho legítimo, la segunda es un privilegio concedido legalmente por un tercero. Así, cuando haya que referirse a la propiedad intelectual, habría que referirse al privilegio de tener la propiedad sobre las ideas. Nada que ver con un libre mercado.